一、温度控制，温度指标是手术室净化重要的控制指标之一，它直接影响手术室的舒适程度，按新标准的要求，手术室温度全年必须控制在22℃-27℃之间，为达到这一要求，主要是通过新风表冷器、主机表冷器、风管电加热器来实现。在冬秋季.主机表冷器处于加热工况运行，风管电加热器作为辅助，设置新风预热装置，防止结露现象;夏季，主机表冷器处于制冷工况运行，此时新风表冷器的作用主要是降温除湿，主机表冷器的主要作用为消除室内显热，后通过风管电加热器加热到送风状态点。温度控制通过微电脑控制器来完成。
二、湿度控制，手术室净化应将房间湿度降低到60%以下，从而控制细菌繁殖的速度。在冬秋季节，室外空气温度低于室内，在新风进人室内前，须进行加湿处理。在每台主空调机组设加湿段，并选配加湿器，该加湿器属于等温加湿模式，可有效控制加湿时产生的二次污染。在夏季和春季进行去湿处理，过程如下:因室外空气含湿量大，先将新风去湿，由新风机组将新风处理到室内状态点的等恰线上，然后与室内回风混合，再由主空气处理机组进一步去湿处理至机器点，然后再经过电加热器等湿加热至送风状态点送至室内。这样室内的湿度就能有效地控制在4O%--6O%之间。整个湿度控制是通过微电脑控制器来完成。
三、相对静压差控制，梯度压差是维持手术部无菌环境的保证，也是防止交感染的前提。正压是由送风与回风、排风量之间的差位透过缝隙而产生，这个差位是由系统新风量来补偿的。正压渗透风量越多、房间缝隙越小，所建立的正压就越大。
四、气流速度控制，对于乱流洁净室，主要靠空气的稀释作用来减轻室内污染的程度，送风出口气流速度不宜太大，和单纯空调房间相比，要求速度衰减更快，扩散角度更大。对于层流手术室，由于主要靠气流的“活塞打挤压”作用排除污染，所以截面上的速度是非常市要的指标。
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